I popoli indigeni vengono spesso inclusi fra gli emarginati o gli arretrati, in ritardo rispetto al raggiungimento di
certi livelli di sviluppo. Iscos ritiene fuorviante catalogare in questo modo popolazioni con visioni del mondo e modelli di vita molto diverse da quelle occidentali. 

Vogliamo invece tutelare i diritti tradizionali dei popoli originari attraverso un approccio che promuove un allargamento della sfera dei diritti nel rispetto della loro condizione di popoli indigeni.
Vogliamo favorire una loro partecipazione negli spazi pubblici e di decisione politica, supportando la loro lotta contro l’invisibilità, il silenzio e la svalorizzazione delle loro culture e lingue originarie.
Vogliamo inoltre intervenire per il diritto all’istruzione dei bambini e delle bambine dei popoli indigeni e tradizionali, per un progressivo empowerment e riconoscimento dei diritti delle ragazze e delle donne.
Difendiamo il diritto a tutelare il proprio modo di vivere rispettoso degli habitat di vita: un territorio etnico non è un territorio da civilizzare o modernizzare, né un patrimonio da conservare senza interazioni e senza interventi. Sostenere i popoli indigeni significa anche agire per la salvaguardia delle biodiversità e contribuire alla lotta al riscaldamento globale.  

Ci sembra opportuno e necessario accompagnare i percorsi e le esperienze per una nuova autodeterminazione dei popoli indigeni in nuove relazioni (e rivendicazioni) nei confronti degli Stati nazionali, nel rispetto di una nuova cittadinanza pluriculturale. I nostri interventi sui diritti dei popoli indigeni e tradizionali sono stati concentrati prevalentemente in ambito amazzonico (Brasile) e in ambito andino (Perù), con progetti volti al miglioramento delle attività economiche e di autoconsumo endogene delle popolazioni locali nel pieno rispetto e nella valorizzazione del loro ambiente, sia esso di foresta pluviale tropicale che degli altopiani andini, nel miglioramento delle loro pratiche produttive, nella tecnologia applicata e nei processi di trasformazione dei loro prodotti, anche per mercati nazionali e internazionali.